Az alvási apnoé szindrómában szenvedők esetében azonban ez a légúti szűkület olyan nagymértékű, hogy a légzés nehézzé válik, esetenként ki is hagy, és az alvó 10 másodpercet meghaladó ideig nem jut levegőhöz. Ilyenkor érzékeli, hogy a légzés nehézségekbe ütközik és a szervezet nem jut elég oxigénhez, ezért növeli az érdekében kifejtett erőt. Ez a fokozott igénybevétel végül felébreszti az alvót, aktivizálja a torok izmait, így ismét megnyílik a légút.

Az újra felszabadult légút hatására a légzés érdekében kifejtett erő csökken, és az illető visszaalszik. Ez az elalvás-torokszűkület-megnövekedett légzési erőkifejtés-felébredés ciklus újra és újra lejátszódik az éjszaka folyamán, megzavarva az alvást néhány tucat, esetenként több száz alkalommal is. Ezek az ébrenlétek általában olyan rövidek, hogy reggelre nem marad emlék róluk. A következményeik azonban jelentősek, hiszen megakadályozzák a pihentető mélyalvást.

Az tekinthető tehát alvási apnoéban szenvedő betegnek, aki ilyen jellegű akadályozott légzéssel, rövid ébredések sorozatával, és olyan napközbeni tünetekkel szembesül, mint az állandó fáradtság, álmosság, ingerlékenység, a koncentrációs képesség jelentős csökkenése.